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活性碳因此有兩種功能，一是它能夠吸收廢棄物，有助于水的凈化。但是，也有一些缺點，如果水族箱里放一些治魚病的藥物，這些藥物可能在被魚吸收之前就先被碳所吸收。而且，一些藥物，如那些含有苯氧乙醇的藥，會在碳吸收廢棄物時被先吸收，并可能在水族箱中放出大量有毒的物質(zhì)。因此，在使用任何藥物之前有必要先把活性碳從過濾系統(tǒng)中取出?；钚蕴嫉牡诙€作用是作為生理媒介。由于和水的大面積接觸，少量的碳可以成為大量的硝化細菌的生理依托。人們還在懷疑脫氧反應(yīng)會產(chǎn)生于某些環(huán)境中，也就是說由于缺氧，細菌會把硝酸鹽轉(zhuǎn)化為氮氣。